Prahové hodnoty podzemních vod určují hranice koncentrací znečišťujících látek mezi dobrým a špatným (nevyhovujícím) stavem útvarů podzemních vod. Protože se chemický stav útvarů podzemních vod hodnotí podle různých kritérií, jsou některé prahové hodnoty vykazovány nikoliv jedinou hodnotou, ale rozsahem. Kromě prahových hodnot se také vykazuje, podle kterých kritérií byly prahové hodnoty odvozeny - jestli podle požadavků na užívání, což v případě ČR znamená, že podle limitů pro pitné vody; podle limitů pro povrchové vody (to se týká relevantních prioritních látek) nebo podle jiných kritérií (např. na základě přirozeného pozadí nebo expertního odhadu). Naprostá většina ukazatelů má jen jednu prahovou hodnotu s výjimkou dusičnanů, amonných iontů a fosforečnanů, pro ně je jednak určena hodnota pro podzemní vodu jako takovou - podle pitných vod, ale pro vybrané lokality, kde jsou související povrchové vody, jsou limity na úrovni hranice mezi dobrým a středním ekologickým stavem povrchových vod. Protože tyto ukazatele jsou pro povrchové vody typově specifické (tj. hranice mezi dobrým a středním ekologickým stavem je různá podle typu povrchové vody), liší se i prahové hodnoty podle toho, jakého typu jsou související povrchové vody.