Významnými správci vodních toků v působnosti MZe jsou státní podniky – Povodí Labe, Povodí Vltavy, Povodí Moravy, Povodí Odry, Povodí Ohře a Lesy České republiky. Tito správci zajišťují správu téměř 95 % celkové délky vodních toků v ČR. Zbývajících 5 % délky vodních toků spravují ostatní správci (Ministerstvo obrany, Správy národních parků, obce, ostatní fyzické a právnické osoby).