Disease at the Moment: COVID-19

Stručný náhled na základní epidemiologická data o pandemii COVID-19 v ČR. Datová sada obsahuje aktuální kumulativní počet provedených PCR a antigenních testů (včetně informace za předchozí den), potvrzené případy celkem a ve věkové skupině 65+(včetně informace za předchozí den), aktivní případy (včetně reinfekcí), vyléčené, úmrtí, očkování a hopitalizované pacienty.

Datová sada obsahující základní denní incidenční přehled osob s prokázanou nákazou COVID-19 včetně reinfekcí dle hlášení krajských hygienických stanic včetně laboratoří (datum hlášení, věk a pohlaví nakažené osoby, KHS, informace o místě a zemi nákazy, nahlášeno na krajskou hygienickou stanici).

Datová sada obsahující záznamy o vyléčených po onemocnění COVID‑19 dle hlášení krajských hygienických stanic. S ohledem na fakt, že vykazování vyléčených osob má určité zpoždění oproti reálnému stavu z důvodu validace a uzavírání případů krajských hygienických stanic, se mohou denní záznamy zpětně měnit právě z důvodu průběžného doplňování.

Datová sada obsahující záznamy o úmrtích v souvislosti s onemocněním COVID‑19 dle hlášení krajských hygienických stanic. Zahrnuje úmrtí osob, které byly pozitivně testovány na COVID‑19 (metodou PCR) bez ohledu na to, jaké byly příčiny jejich úmrtí, a k jejichž úmrtí došlo v rámci hospitalizace či mimo ni. S ohledem na fakt, že vykazování úmrtí má určité zpoždění oproti reálnému stavu z důvodu validace a uzavírání případů krajských hygienických stanic, se mohou denní záznamy zpětně měnit právě z důvodu průběžného doplňování.

Datová sada obsahující data hospitalizovaných pacientů popisující průběh hospitalizace (aktuální a celkový počet hospitalizovaných, rozdělení podle příznaků, rozdělení podle podpůrných přístrojů, počet úmrtí).

Datová sada obsahující kumulativní a přírůstkové počty osob s prokázaným onemocněním COVID-19 dle hlášení krajských hygienických stanic včetně laboratoří (s rozdělením na primoinfekce a reinfekce), počty vyléčených po onemocnění COVID‑19 dle hlášení krajských hygienických stanic, počty úmrtí v souvislosti s onemocněním COVID‑19 dle hlášení krajských hygienických stanic a hospitalizačních úmrtí, a počty provedených testů na onemocnění COVID-19 dle hlášení laboratoří. S ohledem na fakt, že vykazování vyléčených osob a úmrtí má určité zpoždění oproti reálnému stavu z důvodu validace a uzavírání případů krajských hygienických stanic, se mohou denní záznamy zpětně měnit právě z důvodu průběžného doplňování.

Datová sada podle krajů a okresů ČR obsahující kumulativní denní počty osob s prokázaným onemocněním COVID-19 (včetně reinfekcí) dle validovaných hlášení krajských hygienických stanic, kumulativní denní počty vyléčených po onemocnění COVID-19 dle hlášení krajských hygienických stanic a kumulativní denní počty úmrtí v souvislosti s onemocněním COVID-19 dle hlášení krajských hygienických stanic a hospitalizačních úmrtí. S ohledem na fakt, že vykazování vyléčených osob a úmrtí má určité zpoždění oproti reálnému stavu z důvodu validace a uzavírání případů krajských hygienických stanic, se mohou denní záznamy zpětně výrazně měnit právě z důvodu průběžného doplňování. Nedoporučujeme uvádět aktuální počty aktivních případů na základě aktuálních počtů vyléčených osob a úmrtí za poslední dny. Data jsou neúplná a jejich použití má za následek zkreslující výsledky.

Obsahem je komplexní přehled základních epidemiologických parametrů (počty diagnostikovaných osob s COVID-19 včetně reinfekcí, počty aktuálně nakažených včetně reinfekcí, hospitalizovaní pacienti) se zaměřením na seniorní zranitelné skupiny obyvatel (kategorie věku 65+, 75+) na geografické úrovni obcí s rozšířenou působností (ORP).

Obsah datové sady zahrnuje základní epidemiologické parametry (počty nově diagnostikovaných osob s COVID-19 včetně reinfekcí, počty aktuálně nakažených včetně reinfekcí) na úrovni obcí ČR. Na základě informací z některých malých obcí eviduje správce systému ISIN problémy s přiřazením bydliště obyvatel. Jde o chybu ztotožňování bydliště v reálném čase u minority případů, kdy není uvedeno bydliště z šetření KHS a jsou dostupná pouze data z laboratoří. Bydliště je správně určeno na úrovni kraje a okresu, ale došlo k chybnému přiřazení osob ke konkrétní obci. Případy podle všeho patří do velkých měst, a drobné obce byly přiřazeny omylem. Dalším problémem může být přiřazení správného trvalého bydliště k dané obci u pacienta, který však v obci nepobývá (pouze je tam přihlášen k pobytu) a jeho diagnóza i léčba probíhá jinde. Správce i provozovatel ISIN děkují vedení obcí za zpětnou vazbu, neboť jinak takové chyby nelze odhalit. Publikování dat na úrovni obcí bylo vedeno snahou o bezbariérový informační servis – tato data jsou nyní ve spolupráci se správou základních registrů zpětně validována. Nejde o chyby velkého rozsahu, nicméně je nutné je dořešit. Pro starosty všech obcí je nově připravený nový internetový dashboard, který umožní rychlou zpětnou kontrolu správnosti.

Obsah datové sady na úrovni městských části hlavního města Prahy zahrnuje základní epidemiologické parametry (počty diagnostikovaných osob s COVID-19 včetně reinfekcí, počty aktuálně nakažených včetně reinfekcí), které umožní průběžně sledovat základní epidemiologické ukazatele a vyhodnocovat trendy na pozadí dat publikovaných pro celou ČR. Na základě informací z některých malých obcí eviduje správce systému ISIN problémy s přiřazením bydliště obyvatel. Jde o chybu ztotožňování bydliště v reálném čase u minority případů, kdy není uvedeno bydliště z šetření KHS a jsou dostupná pouze data z laboratoří. Bydliště je správně určeno na úrovni kraje a okresu, ale došlo k chybnému přiřazení osob ke konkrétní obci. Případy podle všeho patří do velkých měst, a drobné obce byly přiřazeny omylem. Dalším problémem může být přiřazení správného trvalého bydliště k dané obci u pacienta, který však v obci nepobývá (pouze je tam přihlášen k pobytu) a jeho diagnóza i léčba probíhá jinde. Správce i provozovatel ISIN děkují vedení obcí za zpětnou vazbu, neboť jinak takové chyby nelze odhalit. Publikování dat na úrovni obcí bylo vedeno snahou o bezbariérový informační servis – tato data jsou nyní ve spolupráci se správou základních registrů zpětně validována. Nejde o chyby velkého rozsahu, nicméně je nutné je dořešit. Pro starosty všech obcí je nově připravený nový internetový dashboard, který umožní rychlou zpětnou kontrolu správnosti.

Datová sada obsahující počty potvrzených případů za posledních 7 a 14 dní za celou ČR včetně přepočtu na 100 000 obyvatel. Pro přepočet na 100 000 obyvatel je použita otevřená datová sada Obyvatelstvo podle pětiletých věkových skupin a pohlaví v krajích a okresech (https://www.czso.cz/csu/czso/obyvatelstvo-podle-petiletych-vekovych-skupin-a-pohlavi-v-krajich-a-okresech).

Datová sada obsahující počty potvrzených případů (včetně reinfekcí) za posledních 7 a 14 dní za kraje ČR včetně přepočtu na 100 000 obyvatel. Pro přepočet na 100 000 obyvatel je použita otevřená datová sada Obyvatelstvo podle pětiletých věkových skupin a pohlaví v krajích a okresech (https://www.czso.cz/csu/czso/obyvatelstvo-podle-petiletych-vekovych-skupin-a-pohlavi-v-krajich-a-okresech).

Datová sada obsahující počty potvrzených případů (včetně reinfekcí) za posledních 7 a 14 dní za okresy ČR včetně přepočtu na 100 000 obyvatel. Pro přepočet na 100 000 obyvatel je použita otevřená datová sada Obyvatelstvo podle pětiletých věkových skupin a pohlaví v krajích a okresech (https://www.czso.cz/csu/czso/obyvatelstvo-podle-petiletych-vekovych-skupin-a-pohlavi-v-krajich-a-okresech).

Datová sada poskytuje agregovaná data o nově prokázaných nákazách SARS-CoV-2. Každý řádek přehledu uvádí počty osob z pohledu nově potvrzených případů, opakovaně potvrzených případů (reinfekcí), potvrzených případů ve vztahu k nedokončenému očkování, dokončenému očkování a prodělané nákaze SARS-CoV-2, hospitalizaci a léčbě na jednotce intenzivní péče (JIP).

Datová sada poskytuje agregovaná data v souvislosti s onemocněním COVID-19. Každý řádek přehledu uvádí počty testů nebo osob (počty provedených testů, nově potvrzené případy nákazy SARS-CoV-2 včetně reinfekcí, nové hospitalizace a nové pacienty na jednotce intenzivní péče) podle věkové kategorie, indikace provedeného testu, dokončeného očkování a předchozí pozitivity.

Datová sada obsahuje denní přehled všech opakovaných infekcí (reinfekcí) onemocněním COVID-19 včetně sedmidenního průměru.

Datová sada posktuje řádková anonymizovaná data o případech infekce onemocnění COVID-19, včetně informací o očkování. Každý řádek přehledu uvádí popis případu (pořadí infekce člověka, hospitalizace a hospitalizace na jednotce intenzivní péče (JIP)) podle bydliště osoby, pohlaví a věkové kategorie). V sadě jsou uvedeny datumy ukončení očkování a aplikace posilující dávky.

Datová sada obsahuje týdenní přehled osob s prokázanou nákazou COVID-19 s rozdělením dle pořadí nákazy na prvoinfekce a opakované infekce (první, druhé a třetí/další reinfekce).

Datová sada obsahující denní přehled suspektních případů reinfekcí COVID-19, které jsou v souladu s doporučením ECDC určeny na základě nově pozitivního PCR testu s minimálním odstupem 60 dnů od předchozí potvrzené pozitivity a nejsou zahrnuty v souhrnném počtu potvrzených případů. Suspektní případy jsou následně validovány a hlášeny do mezinárodní databáze.

Datová sada obsahující denní počty provedených testů s rozlišením na PCR testy a antigenní testy na onemocnění COVID-19 dle hlášení laboratoří. Dále jsou v sadě uvedeny počty testů dle indikace (diagnostické indikace, epidemiologické indikace, preventivní a plošné testování, ostatní), pozitivní záchyty dle indikace testu a pozitivní záchyty (včetně reinfekcí) dle typu testu (symptomy jsou objektivně vyšetřeny u indikovaných osob, v rámci plošného testování jde o vyjádření subjektivního posouzení testovaného). Zdrojem dat je centrální Informační systém infekčních nemocí (ISIN). Primární data byla analyticky zpracována a následně transformována do podoby publikovatelné online týmem ÚZIS ČR.

Datová sada obsahující přírůstkové a kumulativní denní počty provedených PCR testů s korekcí na opakovaně pozitivní (kontrolní) testy, a to bez rozdílu způsobu úhrady (tedy včetně samoplátců), na COVID-19 za celou ČR podle hlášení laboratoří (rychlotesty nejsou do přehledu zařazeny). Tento přehled je k dispozici od 1. srpna 2020 z důvodu úplnosti nahlášených dat jednotlivými laboratořemi na individuální úrovni. V předchozím období existuje riziko neúplnosti těchto individuálních dat a proto do 31. července vycházíme pouze z dat agregovaných, která však neumožňují složitější analytické výpočty.

Datová sada poskytuje seznam odběrových míst v ČR, kde jsou prováděny PCR a antigenní testy na onemocnění COVID-19. Součástí publikovaného seznamu nejsou odběrová místa ve zdravotnických zařízeních, kde jsou prováděny testy před přijetím pacienta v souvislosti s poskytováním neodkladné péče. Mobilní odběrové týmy mají kapacitu pevně nastavenu (na hodnotu 20), protože není možné přesně určit tuto kapacitu.

Datová sada obsahující denní počty provedených testů s rozlišením na PCR testy a antigenní testy na onemocnění COVID-19 dle hlášení laboratoří s rozdělením na kraje ČR. Dále jsou v sadě uvedeny počty testů dle indikace (diagnostické indikace, epidemiologické indikace, preventivní a plošné testování, ostatní), pozitivní záchyty dle indikace testu a pozitivní záchyty (včetně reinfekcí) dle typu testu (symptomy jsou objektivně vyšetřeny u indikovaných osob, v rámci plošného testování jde o vyjádření subjektivního posouzení testovaného).

Datová sada poskytuje agregovaná data o vykázaných očkováních na úrovni krajů ČR. Každý řádek přehledu popisuje počet vykázaných očkování v daném dni, za věkovou skupinu, s použitím vybrané očkovací látky a ve vybraném kraji. Data jsou aktualizována k času 20.00 h předchozího dne a mohou se zpětně mírně měnit z důvodu průběžného doplňování.

Datová sada poskytuje řádková data o vykázaných očkováních na jednotlivých očkovacích místech ČR. Každý řádek přehledu popisuje jedno vykázané očkování v daném dni a věkové skupině, s použitím vybrané očkovací látky, na konkrétním očkovacím místu a ve vybraném kraji.

Datová sada poskytuje seznam veřejných očkovacích míst v ČR, kde jsou podávány očkovací látky proti onemocnění COVID-19.

Datová sada obsahuje přehled spotřeby očkovacích látek (použité a znehodnocené ampulky) proti onemocnění COVID-19 v očkovacích místech v ČR. Každý záznam (řádek) datové sady udává počet použitých a znehodnocených ampulek dané očkovací látky na daném očkovacím místě v daný den.

Datová sada obsahuje přehled distribuce očkovacích látek proti onemocnění COVID-19 do očkovacích míst v ČR. Každý záznam (řádek) datové sady udává počet ampulek dané očkovací látky, která byla daným očkovacím místem v daný den přijata nebo vydána.

Datová sada obsahuje přehled distribuce očkovacích látek proti onemocnění COVID-19 v rámci centrálního skladu (příjem na centrální skladu a výdej do očkovacích míst v ČR). Každý záznam (řádek) datové sady udává počet ampulek dané očkovací látky, která byla daným očkovacím místem v daný den přijata nebo vydána.

Datová sada poskytuje přehled vytvořených registrací v centrálním rezervačním systému na očkování proti onemocnění COVID-19 ( https://registrace.mzcr.cz/ ). Záznamy (řádky) datové sady popisují jednotlivé anonymizované registrace, které byly vytvořeny na dané očkovací místo v daný den. Do datové sady spadají také osoby, které již byly očkovány. Registrovaná osoba je definována tak, že spadá do jedné s následujících skupin: (i) osoba je registrovaná a čeká na přidělení možnosti výběru termínu očkování, (ii) osoba obdržela možnost výběru termínu očkování, (iii) osoba provedla výběr termínu a má tedy rezervaci. Popis procesu rezervace a registrace: (1) Osoba se registruje v centrálním rezervačním systému na očkování. (2) Probíhá proces ztotožnění proti centrálnímu registru obyvatel. (3) Po ověření totožnosti čeká osoba na přidělení možnosti výběru termínu (stav před závorou). (4) Po přidělení možnosti výběru termínu si osoba vybírá vhodný termín (stav za závorou). (5) Po výběru termínu má daná osoba provedenou rezervaci termínu na očkování. (6) Po provedení očkování zůstává záznam v datové sadě s blokovanou registrací (zablokovano = ANO) a současně je uveden důvod blokace (blokace_duvod = Ztotožněn, ale již vakcinován).

Datová sada poskytuje přehled volné a maximální kapacity očkovacích míst v jednotlivých dnech podle informací z centrálního rezervačního systému na očkování proti onemocnění COVID-19 (https://reservatic.com/ockovani). Každý záznam (řádek) datové sady udává volnou a maximální kapacitu daného očkovacího místa v daný den.

Datová sada poskytuje řádková data o vykázaných očkováních na jednotlivých očkovacích místech ČR. Každý řádek přehledu popisuje jedno vykázané očkování v daném dni a indikační skupině profese, s použitím dané dávky očkovací látky, na konkrétním očkovacím místu a ve vybraném kraji. Datová sada obsahuje také informaci o pořadí dávky (první, druhá nebo posilující dávka) a informaci o ukončující dávce, která určuje, zda osoba, které odpovídá vykázané očkování (bez ohledu na pořadí dávky), obdržela ukončující dávku.

Datová sada poskytuje řádková data o vykázaných očkováních v ČR. Každý řádek přehledu popisuje množství vykázaných očkování v daném dni s použitím dané dávky očkovací látky u konkrétního pohlaví a v konkrétní věkové skupině.

Datová sada poskytuje řádková data o vykázaných očkováních v ČR. Každý řádek přehledu popisuje množství vykázaných očkování v daném dni ve vybraném kraji s použitím dané dávky očkovací látky.

Datová sada poskytuje seznam očkovacích zařízení v ČR jako doplnění seznamu očkovacích míst, kde jsou podávány očkovací látky proti onemocnění COVID-19. Jedná se především o praktické lékaře, ale i další, kde se očkování provádí.

Datová sada poskytuje řádková data o vykázaných očkováních v ČR. Každý řádek přehledu popisuje množství vykázaných očkování v daném kraji a ORP s použitím dané dávky očkovací látky u konkrétní věkové skupiny a pohlaví.

Datová sada obsahuje počet, procento a průměrný věk všech osob s prokázanou nákazou včetně reinfekcí. Každý řádek udává souhrnné údaje osob v daný den rozdělených do skupin podle stavu očkovanosti: bez očkování, s nedokončeným očkováním, s dokončeným očkováním nebo s dokončeným očkováním včetně posilující dávky.

Datová sada obsahuje počet, procento a průměrný věk osob nad 65 let s prokázanou nákazou včetně reinfekcí. Každý řádek udává souhrnné údaje osob v daný den rozdělených do skupin podle stavu očkovanosti: bez očkování, s nedokončeným očkováním, s dokončeným očkováním nebo s dokončeným očkováním včetně posilující dávky.

Datová sada obsahuje počet, procento a průměrný věk zemřelých. Každý řádek udává souhrnné údaje osob v daný den rozdělených do skupin podle stavu očkovanosti: bez očkování, s nedokončeným očkováním, s dokončeným očkováním nebo s dokončeným očkováním včetně posilující dávky.

Datová sada obsahuje počet, procento a průměrný věk hospitalizovaných osob. Každý řádek udává souhrnné údaje osob v daný den rozdělených do skupin podle stavu očkovanosti: bez očkování, s nedokončeným očkováním, s dokončeným očkováním nebo s dokončeným očkováním včetně posilující dávky.

Datová sada obsahuje počet, procento a průměrný věk osob hospitalizovaných na jednotce intenzivní péče (JIP). Každý řádek udává souhrnné údaje osob v daný den rozdělených do skupin podle stavu očkovanosti: bez očkování, s nedokončeným očkováním, s dokončeným očkováním nebo s dokončeným očkováním včetně posilující dávky.

Datová sada obsahuje počet osob s prokázanou nákazou (včetně reinfekcí) dle rozdělení do jednotlivých věkových kategorií. Každý řádek udává souhrnné údaje osob v daný týden a v dané věkové kategorii rozdělených do skupin podle stavu očkovanosti: bez očkování, s nedokončeným očkováním, s dokončeným očkováním nebo s dokončeným očkováním včetně posilující dávky.

Datová sada obsahuje počet nově hospitalizovaných osob dle rozdělení do jednotlivých věkových kategorií. Každý řádek udává souhrnné údaje osob v daný týden a v dané věkové kategorii rozdělených do skupin podle stavu očkovanosti: bez očkování, s nedokončeným očkováním, s dokončeným očkováním nebo s dokončeným očkováním včetně posilující dávky.

Datová sada obsahuje počet nově hospitalizovaných osob na jednotce intenzivní péče (JIP) dle rozdělení do jednotlivých věkových kategorií. Každý řádek udává souhrnné údaje osob v daný týden a v dané věkové kategorii rozdělených do skupin podle stavu očkovanosti: bez očkování, s nedokončeným očkováním, s dokončeným očkováním nebo s dokončeným očkováním včetně posilující dávky.

Datová sada poskytuje agregovaná data o vykázaných očkováních proti onemocnění COVID-19. Každý řádek přehledu uvádí počet osob (s první, druhou a posilující dávkou, s dokončeným očkováním) v daný den rozdělený podle bydliště očkované osoby na úrovni obce s rozšířenou působností (ORP), věkové kategorie a očkovací látky.

Datová sada poskytuje řádková anonymizovaná data o osobách s provedeným očkováním včetně informace o prokázané nákaze SARS-CoV-2. Každý řádek přehledu uvádí detailní popis osoby (datum první, druhé nebo posilující dávky, datum dokončeného očkování) podle bydliště očkované osoby, věkové kategorie a očkovací látky. V sadě jsou uvedeny stavy před a po očkování z pohledu indikace testu, pozitivity, hospitalizace a léčby na jednotce intenzivní péče (JIP) s onemocněním COVID-19. Hraniční datum pro definici očkování je vždy 14 dní po datu dokončení očkování.

Seznam prioritních skupin pro rozdělení očkovaných osob na základě prioritizačního systému Ministerstvem zdravotnictví ČR, který je použit v datové sadě COVID-19: Přehled vykázaných očkování podle profesí (očkovací místo, bydliště očkovaného).

Datová sada podle krajů ČR obsahující denní přehledy změn volných kapacit v nemocnicích akutní péče (celkové počty dostupných přístrojů a lůžek společně s volnými kapacitami v jednotlivých dnech) v souvislosti s šířením nákazy onemocnění COVID-19. Datová sada obsahuje přehledy o přístrojové technice (ECMO, UPV, CRRT, IHD, ventilátory - přenosné a operační sál) a obsazenosti lůžek (pouze lůžka za ARO JIP dospělí a standardní lůžka s kyslíkem za celou nemocnici). Pravidelně jsou aktualizovaná lůžka, která umožňují poskytování daného typu péče, tj. mají nezbytný personál a odpovídající materiálně technické zabezpečení. Definování nezbytného počtu personálu pro daný typ lůžka se může mezi jednotlivými nemocnicemi lišit. Data jsou dostupná od 1. září 2020 do 25. března 2021. Od 29. března je publikována nová otevřená datová sada, kde budou uvedeny aktuálně sledované kapacity.

Datová sada podle krajů ČR obsahující denní přehledy změn volných kapacit v nemocnicích akutní péče (celkové počty dostupných přístrojů a lůžek společně s volnými kapacitami v jednotlivých dnech) v souvislosti se šířením nákazy onemocnění COVID-19. Datová sada obsahuje přehledy o přístrojové technice (ECMO, UPV, CRRT, IHD, ventilátory – přenosné a operační sál) a obsazenosti lůžek (pouze lůžka za ARO JIP dospělí a standardní lůžka s kyslíkem za celou nemocnici). Pravidelně jsou aktualizovaná lůžka, která umožňují poskytování daného typu péče, tj. mají nezbytný personál a odpovídající materiálně technické zabezpečení. Definování nezbytného počtu personálu pro daný typ lůžka se může mezi jednotlivými nemocnicemi lišit. Data jsou dostupná od 1. září 2020 do 25. března 2021. Od 29. března je publikována nová otevřená datová sada, kde budou uvedeny aktuálně sledované kapacity.

Datová sada podle krajů ČR obsahující denní přehledy změn volných kapacit v nemocnicích akutní péče (celkové počty dostupných přístrojů a lůžek společně s volnými kapacitami v jednotlivých dnech) v souvislosti se šířením nákazy onemocnění COVID-19. Datová sada obsahuje přehledy o následujících parametrech: lůžka (standardní s kyslíkem), lůžka (HFNO/CPAP), lůžka (UPV/NIV), přístroje: ECMO, přístroje: CVVHD, přístroje: ventilátory přenosné, přístroje: anesteziologické přístroje s ventilátorem. Data jsou dostupná od 30. března 2021, kdy byla kompletně spuštěna aktualizace nově sledovaných kapacit. Při aktualizaci dat se vždy zohledňuje primární účel použití daného přístroje a v souladu s tímto účelem se vyplňuje volná kapacita (je-li například lůžko s přístrojem pro UPV, který je vybaven také funkcí HFNO, pak se uvádí do skupiny lůžka (UPV/NIV)). Lůžka se vždy vykazují pouze v kombinaci s daným přístrojem (O2, HFNO, UPV), samostatná evidence těchto přístrojů neuvádí potřebnou informaci pro sledování a plánování kapacit IP.